疫苗有效性問題是專家委員會關注的另一個重點問題，也是制定后續處置措施的關鍵依據。專家委員會通過對疫苗熱穩定性資料、涉案疫苗的檢定數據和疾病監測 數據進行了分析和研判，并就每種涉案疫苗的熱穩定性、環境溫度暴露對疫苗有效性的影響等問題，與相關權威專家進行了深入研討。
（一）疫苗的熱穩定性分析
疫苗作為生物制品，對溫度是敏感的，需要在冷鏈條件下儲存和運輸，以最大限度地延長和保證疫苗的有效性。疫苗的熱穩定性是疫苗研發、制備和檢定的關鍵指標。在疫苗研發、制備過程中，采用添加保護劑、凍干工藝等措施，以提高其穩定性，保護疫苗效力。
疫苗的熱穩定性在生產和檢定過程中，得到了有效保障。為了最大限度地保證疫苗在實際儲運和使用環境中的穩定性，疫苗產品審批時都進行了嚴格的長期穩定性 試驗，一般要求依據其實測穩定性時間減少6個月來確定產品的有效期。對熱相對敏感的疫苗，在每批疫苗出廠前均需進行37℃高溫1至4周不等的熱加速穩定性 試驗（也稱“挑戰性試驗”），通過檢測后才能上市銷售。我國還實行疫苗批簽發制度，在每批疫苗出廠前都必須經過國家監管部門指定的法定檢驗機構進行檢驗， 對企業的生產、質控、檢驗等過程和結果進行審核，合格并發放批簽發合格證書后方可出廠。
由于不同疫苗的類別、成分、制備工藝和劑型等差異，每種疫苗對溫度的敏感性也有所不同。依據世界衛生組織有關技術指南和中國藥典，按照疫苗的熱穩定性特征，將本次涉案的12種疫苗分為兩類：
乙肝疫苗、Hib疫苗、AC群流腦結合疫苗、ACYW135群流腦多糖疫苗、甲肝滅活疫苗、乙腦滅活疫苗和狂犬病疫苗等7種疫苗對熱較穩定，在室溫條件下可保持穩定數月。
腮腺炎疫苗、乙腦減毒活疫苗、輪狀病毒疫苗、水痘疫苗和脊灰滅活疫苗等5種疫苗，對熱相對敏感，在室溫條件下可保持穩定1至4周。
專家委員會調閱分析了國家藥品審評中心相關疫苗注冊時的穩定性資料，結果顯示相關疫苗均按要求進行嚴格的加速熱穩定試驗，其中乙肝疫苗、Hib疫苗、 AC群流腦結合疫苗、ACYW135群流腦多糖疫苗、甲肝滅活疫苗、乙腦滅活疫苗、狂犬病疫苗等7種疫苗在37℃下1個月或6個月內效力及相關指標保持穩 定，具有較好的熱穩定性，與世界衛生組織指南一致。
（二）查扣涉案疫苗檢定結果
2016年3月21日，中國食品藥品檢定研究院對涉案查封的12種27個批號的疫苗進行與效力有關的實驗室檢驗。現已完成8種（12批）疫苗的實驗室檢 測，包括腮腺炎疫苗、水痘疫苗、脊灰滅活疫苗、ACYW135群流腦多糖疫苗、乙肝疫苗、甲肝滅活疫苗、輪狀病毒疫苗和乙腦減毒活疫苗。其中檢測時尚在有 效期內的疫苗2批（甲肝滅活疫苗和腮腺炎疫苗各1批），其他10批疫苗檢測時已超過有效期1至8個月。所有已完成的檢測結果達到質量要求。結果提示，較短 時間脫離冷鏈的查扣涉案疫苗的有效性未受到明顯影響。
（三）疫苗針對疾病監測結果分析
本次涉案的12種疫苗共涉及10種疾病，其中7種為法定報告傳染病。通過分析發現，全國范圍脊髓灰質炎自1994年以來保持無本土病例，甲型病毒性肝炎 （甲肝）、乙型病毒性肝炎（乙肝）、流行性乙型腦炎（乙腦）、流行性腦脊髓膜炎（流腦）、狂犬病等自2005年以來呈持續下降趨勢，流行性腮腺炎（腮腺 炎）整體保持平穩。
通過分析2005年以來甲肝等6種法定傳染病在重點涉案省份和其他省份的年發病率情況，相關疾病的變化趨勢基本一致，未出現異常情況。
通過對涉案疫苗針對疾病在全國和涉案省份的發病情況分析認為，未出現異常發病增高情況，預防接種的適齡兒童整體發病水平呈平穩或下降趨勢。

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